La pandémie de SARS-CoV-2 est venue braquer les projecteurs sur un phénomène connu des virologues et des cliniciens, mais dont les enjeux de santé publique sont fondamentaux. Chez les personnes immunodéprimées, les infections virales se prolongent plusieurs mois, voire plusieurs années. Cela permet aux virus à ARN, dont les génomes comportent, d’une génération à l’autre, un taux élevé de mutations, d’évoluer. Des variants, qui divergent par rapport à la souche virale ayant initialement infecté le patient et qui présentent des caractéristiques leur conférant un avantage, peuvent alors apparaître et être transmis.

« C’est un sujet majeur, parce que c’est en Afrique du Sud, un pays marqué par une prévalence élevée d’infections au VIH associée à un accès limité aux traitements, que deux des variants du SARS-CoV-2, Beta et Omicron, ont émergé. Huit millions de personnes y sont en effet infectées et seules 70 % d’entre elles environ reçoivent un traitement adéquat, exposant les 30 % restantes à un risque d’immunodépression et donc d’infection persistante au SARS-CoV-2, alerte Olivier Schwartz de l’Institut Pasteur. Plusieurs équipes de recherche ont montré que des mutations s’accumulent alors progressivement dans le gène codant pour la protéine virale Spike, ciblée par les anticorps, indiquant que le virus évolue au cours de ces infections. »